Merge PR #280: feat(skills): add research trust skill

# Conflicts: # skills/README.md
2026-07-14 22:49:54 +08:00 · 2026-07-14 22:49:54 +08:00 · c4ead5b702
parent 26abbcdb34 9eda79c099
commit c4ead5b702
3 changed files with 210 additions and 70 deletions
--- a/skills/README.md
+++ b/skills/README.md
@ -79,8 +79,6 @@ skills/
 │   └── references/                    # PR 命令参考文档
 ├── gitlink-member/                    # 仓库成员管理
 │   └── SKILL.md                       # 成员与邀请链接操作指南
-├── gitlink-invite/                    # 项目邀请管理
-│   └── SKILL.md                       # 邀请链接、加入/退出项目操作指南
 ├── gitlink-branch/                    # 分支管理
 │   ├── SKILL.md                       # 分支操作指南
 │   └── examples/
@ -107,48 +105,6 @@ skills/
 │   └── SKILL.md                       # Wiki 操作指南
 ├── gitlink-pm/                        # 项目管理
 │   └── SKILL.md                       # PM 操作指南
-├── gitlink-research-reproducibility/  # 科研仓库复现性审计
-│   ├── SKILL.md
-│   ├── references/
-│   │   └── checklist.md
-│   └── examples/
-│       └── reproducibility-audit.md
-├── gitlink-research-compliance/       # 科研开源合规与敏感风险检查
-│   ├── SKILL.md
-│   ├── references/
-│   │   └── risk-rules.md
-│   └── examples/
-│       └── compliance-audit.md
-├── gitlink-research-progress-tracker/ # 科研项目进度跟踪与预警
-│   ├── SKILL.md
-│   ├── references/
-│   │   └── risk-model.md
-│   └── examples/
-│       └── weekly-report.md
-├── gitlink-research-collaboration-map/ # 科研协作画像与合作建议
-│   ├── SKILL.md
-│   ├── references/
-│   │   └── profile-fields.md
-│   └── examples/
-│       └── collaboration-map.md
-├── gitlink-research-knowledge-graph/  # 科研热点追踪与轻量知识图谱
-│   ├── SKILL.md
-│   ├── references/
-│   │   └── graph-schema.md
-│   └── examples/
-│       └── keyword-map.md
-├── gitlink-research-data-provenance/  # 科研数据来源与隐私审计
-│   ├── SKILL.md
-│   ├── references/
-│   │   └── provenance-rules.md
-│   └── examples/
-│       └── data-provenance-audit.md
-├── gitlink-research-artifact-handbook/ # 科研成果沉淀手册生成
-│   ├── SKILL.md
-│   ├── references/
-│   │   └── handbook-template.md
-│   └── examples/
-│       └── artifact-handbook.md
 ├── gitlink-health/                    # 项目健康度分析
 │   ├── SKILL.md                       # 健康度分析指南
 │   ├── data/
@ -158,6 +114,10 @@ skills/
 │   │   └── queries.md                 # SQL 查询参考
 │   └── asset/
 │       └── health_report_template.md  # 报告模板
+├── gitlink-research-trust/            # 科研开源可信度评估
+│   ├── SKILL.md                       # 复现性、可追踪性、合规与文档评分
+│   └── examples/
+│       └── research-trust-workflow.md # 科研可信度工作流示例
 └── gitlink-workflow/                  # AI 自动化工作流
    └── SKILL.md                       # 工作流模板（Issue 分类、PR Review、Release Notes）
 ```
@ -175,7 +135,6 @@ skills/
 | **gitlink-issue** | Issue 管理 | `issue +create`, `issue +list`, `issue +view`, `issue +close`, `issue +batch-close`, `issue +batch-update`, `issue +batch-delete` |
 | **gitlink-pr** | Pull Request | `pr +list`, `pr +create`, `pr +view`, `pr +merge`, `pr +versions`, `pr +version-diff`, `pr +reviews`, `pr +review` |
 | **gitlink-member** | 仓库成员管理 | `member +list`, `member +add`, `member +batch-add`, `member +role`, `member +invite-link` |
-| **gitlink-invite** | 项目邀请管理 | `invite +generate`, `invite +show`, `invite +accept`, `invite +join`, `invite +quit` |
 | **gitlink-branch** | 分支管理 | `branch +list`, `branch +create`, `branch +delete`, `branch +protect` |
 | **gitlink-release** | 版本发布 | `release +list`, `release +create`, `release +edit`, `release +update`, `release +view` |

@ -185,26 +144,14 @@ skills/
 |-------|------|----------|
 | **gitlink-search** | 搜索功能 | `search +repos`, `search +users` |
 | **gitlink-user** | 用户管理 | `user +me`, `user +info` |
-| **gitlink-org** | 组织管理 | `org +list`, `org +info`, `org +members`, `org +teams` |
+| **gitlink-org** | 组织管理 | `org +list`, `org +info`, `org +members` |
 | **gitlink-ci** | CI/CD | `ci +builds`, `ci +logs` |
 | **gitlink-pipeline** | 流水线工作流 | `pipeline +runs`, `pipeline +run`, `pipeline +logs` |
 | **gitlink-wiki** | Wiki 页面管理 | `wiki +list`, `wiki +view`, `wiki +create`, `wiki +update`, `wiki +delete` |
 | **gitlink-pm** | 项目管理 | 通过 Raw API 访问 |
-| **gitlink-workflow** | AI 工作流 | `workflow +triage`, `workflow +pr-summary`, `workflow +review-context`, `workflow +repo-report` |
+| **gitlink-workflow** | AI 工作流 | Issue 分类、PR Review、Release Notes |
 | **gitlink-health** | 开源项目健康度 | 详情见SKILL.md |
-| **gitlink-semantic-audit** | CLI/平台语义审计（伪成功、参数错配、端点失效体检） | `api GET/POST ...` 与 shortcut 对照 |
-
-### 科研场景 Skills
-
-| Skill | 说明 | 常用命令 |
-|-------|------|----------|
-| **gitlink-research-reproducibility** | 科研仓库复现性审计，检查 README、LICENSE、依赖、测试、CI、示例和数据说明 | `repo +info`, `repo +tree`, `api GET /sub_entries` |
-| **gitlink-research-compliance** | 科研开源合规与敏感风险检查 | `repo +info`, `repo +tree`, `api GET /sub_entries` |
-| **gitlink-research-progress-tracker** | 科研项目周报、Issue/PR 队列和停滞风险预警 | `issue +list`, `pr +list`, `release +list`, `repo +contributors` |
-| **gitlink-research-collaboration-map** | 科研协作画像、核心维护者识别和合作建议 | `repo +contributors`, `issue +list`, `pr +list`, `user +info` |
-| **gitlink-research-knowledge-graph** | 关键词科研热点追踪和轻量知识图谱 | `search +repos`, `repo +info`, `repo +languages`, `repo +contributors` |
-| **gitlink-research-data-provenance** | 科研数据来源、数据许可证、引用链和隐私风险审计 | `repo +info`, `repo +tree`, `api GET /sub_entries` |
-| **gitlink-research-artifact-handbook** | 科研成果沉淀手册和课题组交接材料生成 | `repo +info`, `repo +readme`, `repo +tree`, `release +list` |
+| **gitlink-research-trust** | 科研开源可信度评估 | `search +repos`, `repo +info`, `repo +tree`, `repo +readme` |

 ---

@ -274,7 +221,6 @@ gitlink-cli search +users -k "zhangsan"
 # 查看组织
 gitlink-cli org +list
 gitlink-cli org +info -i Gitlink
-gitlink-cli org +teams -i Gitlink
 ```

 详见: [gitlink-search/SKILL.md](gitlink-search/SKILL.md)
@ -311,15 +257,6 @@ gitlink-cli org +teams -i Gitlink
 - [gitlink-org/SKILL.md](gitlink-org/SKILL.md) - 组织命令
 - [gitlink-user/SKILL.md](gitlink-user/SKILL.md) - 用户命令

-**科研场景**:
- [gitlink-research-reproducibility/SKILL.md](gitlink-research-reproducibility/SKILL.md) - 复现性审计
- [gitlink-research-compliance/SKILL.md](gitlink-research-compliance/SKILL.md) - 开源合规与敏感风险
- [gitlink-research-progress-tracker/SKILL.md](gitlink-research-progress-tracker/SKILL.md) - 项目进度跟踪与预警
- [gitlink-research-collaboration-map/SKILL.md](gitlink-research-collaboration-map/SKILL.md) - 协作画像与合作建议
- [gitlink-research-knowledge-graph/SKILL.md](gitlink-research-knowledge-graph/SKILL.md) - 热点追踪与知识图谱
- [gitlink-research-data-provenance/SKILL.md](gitlink-research-data-provenance/SKILL.md) - 数据来源与隐私审计
- [gitlink-research-artifact-handbook/SKILL.md](gitlink-research-artifact-handbook/SKILL.md) - 成果沉淀手册
-
 ---

 ## ❓ 常见问题
--- a/skills/gitlink-research-trust/SKILL.md
+++ b/skills/gitlink-research-trust/SKILL.md
@ -0,0 +1,138 @@
+---
+name: gitlink-research-trust
+description: "科研开源可信度评估：面向论文代码、数据集、实验复现仓库，使用 gitlink-cli 采集仓库信息、目录树、README 和协作指标，生成复现性、可追踪性、协作健康、合规风险和文档可用性报告。当用户需要评估科研仓库可信度、复现准备度或开源治理风险时触发。"
+---
+
+# gitlink-research-trust（科研开源可信度评估）
+
+## 目标
+
+本 Skill 帮助 AI Agent 使用 `gitlink-cli` 对 GitLink 上的科研类开源仓库做只读可信度评估，回答：
+
+- 这个科研仓库是否容易复现？
+- 论文、数据、代码、实验之间是否可追踪？
+- 协作活跃度和维护健康度如何？
+- 许可证、敏感信息和镜像仓库风险是否清晰？
+- README 是否足以支撑评审、复现和二次开发？
+
+## 安全边界
+
+- 默认只读，不向第三方仓库创建 Issue、评论、PR、Release 或 Wiki。
+- 不输出真实 Token、Cookie、密码、私钥。
+- 证据日志只记录命令、摘要和脱敏后的结构化结果。
+- 对疑似敏感信息只给出文件路径、行号和脱敏片段，不复述完整密钥。
+
+## 推荐采集命令
+
+### 1. 搜索候选科研仓库
+
+```bash
+gitlink-cli search +repos -k "research" --format json
+gitlink-cli search +repos -k "paper" --format json
+gitlink-cli search +repos -k "dataset" --format json
+gitlink-cli search +repos -k "科研" --format json
+```
+
+合并候选时优先选择命中多个关键词、近期更新、非空、公开、非纯镜像或镜像状态正常的仓库。
+
+### 2. 获取仓库元数据
+
+```bash
+gitlink-cli repo +info --owner <owner> --repo <repo> --format json
+gitlink-cli repo +contributors --owner <owner> --repo <repo> --format json
+gitlink-cli repo +tree --owner <owner> --repo <repo> --ref <branch> --format json
+gitlink-cli repo +readme --owner <owner> --repo <repo> --ref <branch> --format json
+```
+
+分支优先使用 `repo +info` 返回的 `default_branch`；不存在时再尝试 `master`、`main`。
+
+### 3. 可选补充数据
+
+```bash
+gitlink-cli issue +list --owner <owner> --repo <repo> --format json
+gitlink-cli pr +list --owner <owner> --repo <repo> --format json
+gitlink-cli release +list --owner <owner> --repo <repo> --format json
+```
+
+若接口失败，不要终止整体评估；记录失败原因并降低对应置信度。
+
+## 评分模型
+
+总分 100：
+
+| 维度 | 分值 | 核心信号 |
+|---|---:|---|
+| 复现性 | 25 | README、依赖声明、测试/CI、Release、近期活跃、最小运行命令 |
+| 论文/数据/代码可追踪性 | 20 | DOI/arXiv/BibTeX、数据集说明、实验脚本、引用文件、示例 |
+| 协作健康 | 20 | 贡献者、Issue/PR、关注/Fork、维护活跃度 |
+| 合规与敏感信息 | 20 | 许可证、敏感信息扫描、依赖声明、安全/贡献文档、镜像风险 |
+| 文档与可用性 | 15 | README 完整度、安装说明、运行命令、示例、社区文档 |
+
+等级建议：
+
+- A：85-100，可信度高，可作为复现或标杆仓库。
+- B：70-84，主体可信，有少量治理或复现缺口。
+- C：55-69，可参考但需要补足关键证据。
+- D：0-54，缺口较大，不建议直接作为复现基线。
+
+## 输出格式
+
+建议生成以下文件：
+
+```text
+reports/<run_id>/
+├── index.md
+├── research_trust_report.md
+├── summary.csv
+├── graph.mmd
+├── analysis.json
+└── evidence.jsonl
+```
+
+`summary.csv` 字段建议：
+
+```csv
+repo,total_score,grade,reproducibility,traceability,collaboration,compliance,documentation,language,license,risks,recommendations
+```
+
+`evidence.jsonl` 每行建议包含：
+
+```json
+{"step":"repo-info:<owner>/<repo>","command":["gitlink-cli","repo","+info"],"ok":true,"summary":"ok","data":{"data_keys":["default_branch","issues_count"]}}
+```
+
+## 报告结构
+
+```markdown
+# GitLink 科研开源可信度报告：<topic>
+
+## 一、结论总览
+
+| 排名 | 仓库 | 总分 | 等级 | 复现性 | 可追踪性 | 协作 | 合规 | 文档 |
+
+## 二、仓库深度分析
+
+### <owner>/<repo>：<score>/100（<grade>）
+
+- 主要优势
+- 主要风险
+- 优先整改建议
+
+## 三、科研赋能价值
+
+- 复现基线
+- 论文/数据/代码证据链
+- 开源治理整改
+
+## 四、数据来源与限制
+
+- GitLink CLI 命令列表
+- 失败或跳过的接口
+- 脱敏策略
+```
+
+## 触发示例
+
+- “帮我评估 GitLink 上 AI 论文代码仓库的科研可信度。”
+- “对这个 GitLink 仓库做复现性、许可证和敏感信息风险检查。”
+- “搜索 5 个数据集相关仓库，输出科研可信度排行榜和 Mermaid 图谱。”
--- a/skills/gitlink-research-trust/examples/research-trust-workflow.md
+++ b/skills/gitlink-research-trust/examples/research-trust-workflow.md
@ -0,0 +1,65 @@
+# gitlink-research-trust 使用示例
+
+## 目标
+
+搜索 GitLink 上公开科研仓库，评估 3-5 个候选仓库，并生成可信度报告、CSV 摘要、Mermaid 图谱和脱敏证据日志。
+
+## 示例命令
+
+```bash
+export GITLINK_CONFIG_DIR="${GITLINK_CONFIG_DIR:-$HOME/.config/gitlink-cli}"
+
+gitlink-cli auth status
+
+gitlink-cli search +repos -k "research" --format json
+gitlink-cli search +repos -k "dataset" --format json
+gitlink-cli search +repos -k "AI" --format json
+
+gitlink-cli repo +info --owner <owner> --repo <repo> --format json
+gitlink-cli repo +tree --owner <owner> --repo <repo> --ref <default_branch> --format json
+gitlink-cli repo +readme --owner <owner> --repo <repo> --ref <default_branch> --format json
+```
+
+## Agent 处理步骤
+
+1. 合并搜索结果，按关键词命中数、活跃度、Fork/Star/关注信号排序。
+2. 对每个候选仓库读取 `repo +info`、`repo +tree` 和 `repo +readme`。
+3. 从目录树识别 `LICENSE`、`requirements.txt`、`pyproject.toml`、`package.json`、`go.mod`、`tests`、`scripts`、`examples`、`CITATION.cff`。
+4. 从 README 识别论文、DOI、arXiv、BibTeX、数据集、实验命令、安装说明和示例。
+5. 按 100 分评分模型生成报告。
+6. 写入 `evidence.jsonl` 前脱敏 Token、Cookie、密码和私钥。
+
+## 输出示例
+
+```text
+reports/research-trust-20260625/
+├── index.md
+├── research_trust_report.md
+├── summary.csv
+├── graph.mmd
+├── analysis.json
+└── evidence.jsonl
+```
+
+## Mermaid 图谱片段
+
+```mermaid
+graph TD
+  topic["科研开源可信度"]
+  repo["owner/repo"]
+  paper["论文/引用"]
+  data["数据集"]
+  experiment["实验复现"]
+  license["许可证"]
+  topic --> repo
+  repo --> paper
+  repo --> data
+  repo --> experiment
+  repo --> license
+```
+
+## 注意事项
+
+- 对第三方仓库保持只读。
+- 不把认证凭据写入报告。
+- 如果 README 或目录树接口失败，保留错误摘要并继续分析其他仓库。